Ambientato negli anni '90, Captain Marvel mette da parte lo schema tradizionale delle origin story e presenta al pubblico Carol Danvers già in possesso dei propri superpoteri. Dopo aver abbandonato la propria vita sulla Terra, Carol si unisce alla Starforce, il reparto d'elite intergalattico dei Kree, guidato dall'enigmatico comandante Yon-Rogg. Ma una volta terminato l'addestramento ed essere divenuta un importante membro della Starforce, si ritrova nuovamente sulla Terra con nuove domande sul proprio passato. Qui, attira presto l'attenzione di Nick Fury e i due dovranno lavorare insieme per sconfiggere un nemico formidabile, gli Skrull - i famigerati cattivi Marvel resi ancora più pericolosi dalle loro abilità di mutaforma- e il loro leader Talos, che sta guidando l'invasione della Terra.