La storia è ambientata nel 2026, ed è incentrata su un gruppo di scienziati che a San Francisco stanno cercando di sopravvivere nel mondo dominato dalle scimmie. Mentre Cesare (Andy Serkis), si pone leader sulla comunità delle scimmie ormai geneticamente evolute, cerca di mantenere il controllo sulla sempre più vasta comunità, che si contrappone ad una piccola colonia di umani che lotta per la sopravvivenza in una San Francisco post-apocalittica. Purtroppo in entrambe le comunità ci sono fazioni che vivono nella paura e nel rancore. La crescente Nazione delle scimmie guidata da Cesare è minacciata da una banda di umani sopravvissuti al virus che si è diffuso su tutto il pianeta con effetti devastanti nell'ultimo decennio, Cesare spinge la sua comunità a tendere la mano verso gli umani, ma dopo aver raggiunto una fragile pace precaria ed effimera, questa viene messa in grave pericolo, per Cesare sarà difficile evitare lo scontro, che arriverà feroce e porrà ancora una volta uomini e scimmie uno contro l'altro in una battaglia il cui esito finale determinerà quale sia la specie dominante sulla Terra.