Gianfranco Cabiddu è nato a Cagliari e vive a Roma. Si forma come musicista nel capoluogo isolano, tra gli studi di musica classica e i gruppi di Jazz dei primi anni Settanta. In teatro collabora con Vittorio Gassman, Carmelo Bene, Dario Fo, Martha Graham, Jerzy Grotowski, Peter Brook, Eduardo De Filippo. Con Eduardo ha una collaborazione stabile come assistente, e realizza la registrazione audio de La tempesta di Shakespeare.
Nel cinema lavora prima come tecnico del suono in oltre 30 film collaborando con registi quali Comencini, Monicelli, Tornatore, Ponzi, Villaggio, ecc. Esordisce come regista e sceneggiatore con Disamistade (1989) con Joaquim DeAlmeida e Laura del Sol, a cui seguono Sonos ’e Memoria (1995), evento speciale alla 52a Mostra del Cinema di Venezia, e Il figlio di Bakunin (1997) tratto dall’omonimo romanzo di Sergio Atzeni e prodotto da Giuseppe Tornatore. Con Passaggi di tempo (2005) realizza il suo primo film musicale. Per la serie Crimini, realizza Disegno di Sangue (2006), un film tv su soggetto di Marcello Fois e sceneggiatura di Giancarlo De Cataldo.
Tra i documentari ricordiamo Cagliari (1990), S'Ardia (1994), Scritto sulla Pietra (1998), Efis, martiri gloriosu (1999), Jazz Time in Berchidda (1999), In faccia al Vento (2000), Montevecchio (2004), Passaparola (2006), Il sapere delle mani (2012), L’Innesto-Padre e Figlio (2012). Il nuovo film per il cinema, La stoffa dei sogni, girato nel 2014 e ambientato all’Asinara, è ispirato a L’arte della commedia di Eduardo De Filippo e a La tempesta di William Shakespeare, scritto con Ugo Chiti, con Sergio Rubini, Ennio Fantastichini, Renato Carpentieri e Luca De Filippo.
Dal 1995 al 2000 è stato direttore artistico del Premio Solinas per la sceneggiatura cinematografica. Dal 1996, è curatore del settore Immagini e Cinema del Festival Internazionale Time in Jazz di Berchidda, mentre attualmente è direttore artistico del Festival Creuza de Mà - Musica per cinema e, con Antonello Grimaldi, ispiratore del progetto Le isole del Cinema (Tavolara, Asinara, S.Pietro-Carloforte, La Maddalena) Festival e Seminari su regia, attore, scrittura e musica nel cinema.