Dopo essersi formata come ballerina, Emmanuelle Bercot decide di studiare teatro e recitazione, prima di iscriversi a La Fémis. Nel 1997 dirige il suo primo cortometraggio, "Les vacances", che vince il Premio della giuria al Festival del film di Cannes. Nel 1999, il suo film di diploma, "La puce", che segna anche la scoperta dell'attrice Isild Le Besco, vince il premio Cinéfondation a Cannes e viene distribuito nelle sale cinematografiche francesi. Nel 2001, il suo lungometraggio di esordio, "Clément", è presentato in anteprima nella sezione Un Certain Regard del Festival di Cannes, dove ottiene il Prix de la Jeunesse. Con il film successivo, "Backstage", selezionato in concorso alla Mostra del cinema di Venezia nel 2005, Emmanuelle Bercot continua ad esplorare il tema della rabbia adolescenziale, in questo caso attraverso il burrascoso rapporto tra una star della canzone (Emmanuelle Seigner) e una sua giovane ammiratrice ossessiva (Isild Le Besco). Nel frattempo, Emmanuelle Bercot continua occasionalmente a recitare e appare nei film di Claude Miller, Bertrand Tavernier, Benoît Jacquot, Olivier Assayas e Maïwenn, con la quale scrive anche la sceneggiatura di "Polisse". Tra i suoi crediti televisivi come regista, ricordiamo "Le choix d'Elodie" (1998), tv-movie vincitore del Laurier d'Or 1999 e del Prix du Sénat, l'episodio "Tirez sur le caviste" della serie Suite Noire, interpretato da Niels Arestrup e Julie-Marie Parmentier (vincitore del premio del Syndicat français de la critique de cinéma et des films de télévision nel 2008) e del film televisivo "Student Services" per Canal+ nel 2009. Nel 2012, Bercot ha diretto uno degli episodi del film corale "Gli infedeli", interpretato da Jean Dujardin e Gilles Lellouche, e il lungometraggio "Elle s'en va", presentato in anteprima nella selezione ufficiale della 63a Berlinale l'anno successivo. Nel 2015, il suo lungometraggio "A testa alta" è stato selezionato come film di apertura del 68° Festival del film di Cannes, edizione nella quale Emmanuelle Bercot ha vinto il premio come Miglior attrice per la sua interpretazione nel film di Maïwenn "Mon roi - Il mio re".