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Tra le attrici più acclamate dell'industria dell'intrattenimento, Emily Watson ha attirato l'attenzione della comunità cinematografica mondiale con la sua memorabile interpretazione in Le onde del destino di Lars von Trier, che è stato il suo primo film. Ha ricevuto nomination agli Oscar, ai Golden Globe e ai BAFTA; ha vinto il New York Film Critics Circle Award, il National Society of Film Critics Award, e il Felix Award come Miglior Attrice; ed è stata nominata Attrice Inglese Esordiente dell'Anno ai London Critics Circle Film Awards.
Watson è stata di nuovo candidata come Miglior Attrice agli Oscar, ai Golden Globe, ai BAFTA Awards, e agli Screen Actors Guild Awards, per la sua interpretazione della violoncellista classica, realmente esistita, Jacqueline du Pré in Hilary e Jackie, con Rachel Griffiths per la regia di Anand Tucker. Questa interpretazione le è anche valsa il British Independent Film Award (BIFA) come Miglior Attrice.
I suoi altri film comprendono: Metroland di Philip Saville, con Christian Bale; The Boxer di Jim Sheridan; Il prezzo della libertà di Tim Robbins; Le ceneri di Angela di Alan Parker; Trixie di Alan Rudolph; Ubriaco d'amore di Paul Thomas Anderson; Red Dragon di Brett Ratner; La proposta di John Hillcoat; Wah-Wah di Richard E. Grant; La sposa cadavere di Tim Burton and Mike Johnson, in voiceover; Un giorno per sbaglio di Julian Fellowes, con Tom Wilkinson; Synecdoche, New York di Charlie Kaufman; Cold Souls di Sophie Barthes; Oranges and Sunshine di Jim Loach, per il quale è stata candidata all'Australian Film Institute Award e ha vinto il Film Critics Circle of Australia Award come Miglior Attrice; War Horse di Steven Spielberg; Anna Karenina di Joe Wright sempre per Focus Features e Working Title Films; Some Girl(s), un adattamento di Neil LaBute da una sua piece diretto da Daisy von Scherler Mayer; La ladra di libri di Brian Percival; Belle di Ama Asante; e Gosford Park di Robert Altman, per il quale ha vinto uno Screen Actors Guild Award come membro dell'ensemble onorato con il prestigioso premio per Miglior Performance di un Cast in un Film.
E' stata di nuovo candidata recentemente allo Screen Actors Guild Award e al Golden Globe per la sua interpretazione accanto a Dominic West nella miniserie Appropriate Adult. Il suo ritratto di Janet Leach in questa storia vera le è valso anche un BAFTA.
Nel 2015, verrà vista in molti film tra cui il dramma sulla Seconda Guerra Mondiale di Alejandro Monteverde Little Boy, con David Henrie, Michael Rapaport, e Tom Wilkinson; e il film epico di Baltasar Kormákur Everest, sempre per la Working Title Films.
Veterana dei palcoscenici londinesi, i crediti teatrali di Watson includono: Tre sorelle, La donna del mare, e Quelle due al Royal National Theatre. Ha lavorato molto con la Royal Shakespeare Company, in produzioni come Jovial Crew, La bisbetica domata, Tutto è bene quell che finisce bene, e The Changeling - Gli incostanti. Nell'autunno 2002, ha recitato al Donmar Warehouse in due spettacoli contemporaneamente, Zio Vanya e La dodicesima notte, entrambi diretti da Sam Mendes. Questi spettacoli, acclamati dalla critica, sono stati messi in scena anche alla Brooklyn Academy of Music di New York City.