1945, città di Kobe. Seita e Setsuko, di quattordici e quattro anni, sono due fratelli che perdono la madre durante una delle incursioni aeree dei B-29 americani sulla loro città. Il padre, ammiraglio della Marina Giapponese, non dà più notizie di sé. Poiché anche la loro bella casa è andata bruciata nei bombardamenti incendiari, Seita prende alloggio con la sorellina a casa di una zia.
Frustrato dagli incomodi, dalle difficoltà imposte dalle circostanze, e insofferente nei confronti della situazione domestica in cui si ritrova, Seita decide di trasferirsi con Setsuko in un cava abbandonata sulle rive di uno stagno, dove ricreare una parvenza di calore familiare. Tuttavia, in assenza di cibo ed igiene, ben presto Setsuko deperisce e va incontro alla morte. Il fratello Seita, disperato, si lascia morire piano piano, esalando il suo ultimo respiro nella stazione di Sannomiya con gli americani ormai alle porte. L'ultima immagine dei due orfanelli è quella di loro stessi, fantasmi ma ancora insieme, mentre osservano la Kobe moderna sfavillante di luci e neon, circondati dalle lucciole.