La nuova avventura dei quattro pinguini - Skipper: il leader del gruppo, Kowalski: il più intelligente, Rico: l'addetto alle armi e Soldato: il più giovane - è incentrata sul coinvolgimento in una missione di spionaggio, all'apparenza possono sembrare dei normali pinguini, in realtà sono super addestrati agenti segreti, in pochi sanno che conducono una doppia vita in grado di affrontare qualsiasi situazione. E ora il mondo ha bisogno di loro. Questa squadra d'èlite sta unendo le proprie forze con un'organizzazione nota con il nome di "Vento del Nord" guidata da un carismatico, astuto lupo, l'agente Classified, i nostri quattro eroi vengono reclutati per sventare i piani del malvaggio Dottor Octavius Brine-Dave, un polpo dalle manie di grandezza che vuole annientare il mondo come lo conosciamo e tutti gli sfeniscidi esistenti. Al loro fianco si schiereranno tutti i membri dell'organizzazione "Vento del Nord" che si propongono appunto di salvare tutti gli animali che sono in pericolo.