Taichi, adesso, è uno studente universitario e vive da solo, non ha ancora deciso del suo futuro. Gli otto ragazzi continuano ad aiutare le persone che hanno un Digimon come partner ma un giorno si verifica un fenomeno senza precedenti. I bambini prescelti scoprono che, crescendo, la relazione con il proprio Digimon giungerà al termine. Un conto alla rovescia si attiva sul loro Digivice e comprendono che più combattono con il loro partner, più velocemente i loro legami sono destinati a concludersi. Taichi e Agumon sono di fronte a un bivio.