Ferzan Ozpetek fa il suo apprendistato nel cinema come aiuto regista, tra gli altri, di Massimo Troisi, Ricky Tognazzi e Marco Risi il quale nel 1996 lo fa debuttare alla regia con Hamam-Il bagno turco. Presentato alla Quinzaine des Realizatéurs di Cannes, ottiene da subito rilevanti riconoscimenti internazionali.
Il secondo film Harem Suare', sulla caduta dell'Impero ottomano, è ambientato ancora una volta nella sua terra d'origine.
Il 2001 è l'anno di Le fate ignoranti, in concorso al Festival di Berlino, una vera esplosione record di incassi in Italia e vincitore di quattro Nastri d'Argento, tre Globi d'Oro e del premio principale al New York Gay and Lesbian Film Festival.
Due anni dopo, con La finestra di fronte ancora un enorme successo non solo in Italia: cinque David di Donatello, quattro Ciak d'Oro e tre Globi d'Oro della stampa estera. Anche il festival di Karlovy Vary gli riconosce tre prestigiosi premi (Film, Regia, Migliore Attrice a Giovanna Mezzogiorno) oltre ai due del Seattle Film Festival.
Nel 2005 Cuore Sacro, protagonista Barbora Bobulova, ottiene due David di Donatello e il Globo d'oro mentre due anni dopo, Saturno contro raccoglie di nuovo il favore del grande pubblico.
Nel 2008, con il film tratto dall'omonimo romanzo di Melania Mazzucco Un giorno perfetto, Ozpetek viene invitato in concorso alla 65^ Mostra del Cinema di Venezia.
Nel 2010 Mine vaganti, sceneggiato insieme a Ivan Cotroneo, oltre a cogliere una delle migliori affermazioni del box office nazionale, viene selezionato dai prestigiosi Festival di Berlino e dal Tribeca di Robert De Niro che gli attirano l'interesse di numerosi distributori internazionali. Ne è conseguenza l'eccezionale opportunità di circolare nelle sale di oltre 30 Paesi del mondo.
Nel 2011 dirige la sua prima Opera lirica in occasione del Maggio Musicale Fiorentino, l' Aida di Giuseppe Verdi, riscuotendo uno strepitoso consenso di pubblico e critica.