Blu, Jewel e i loro tre figli vivono una tranquilla e fantastica vita domestica in Brasile nella magica città di Rio de Janeiro. Quando un giorno Jewel ha l'idea che i suoi tre figli hanno bisogno e devono imparare a vivere come dei veri uccelli, e insiste verso Blu e i tre figli finchè convince tutta la famiglia a trasferirsi in Amazzonia, solo allora decide di lasciare Rio de Janeiro e raggiungere la meravigliosa, lussureggiante foresta Amazzonica, la da dove provengono le sue origini, il luogo dei suoi avi. Mentre Blu cerca di adattarsi e andare d'accordo con i nuovi vicini, nello stesso tempo si preoccupa, perchè dovrà lottare contro il timore di perdere Jewel e i piccoli, affascinati e attratti dal nuovo ambiente e dal richiamo della natura. Le cose per. si fanno ancora più critiche quando Nigel, la vecchia nemesi di Blu e Jewel, torna per vendicarsi.