La storia è quella di un gruppo di musicisti roditori:il leader Alvin, l'alto e quieto Simon e l'impressionabile Theodore, vestiti con abiti piuttosto vacanzieri, i piccoli Chipmunks abbandonano Los Angeles, per partire in vacanza alla volta di una località esotica a bordo di una lussuosa nave da crociera, i tre accompagnati dalle " Chipetter " Brittany, Jeanette e Eleonor, sono di nuovo all'altezza dei loro scherzi, trasformeranno 11mbarcazione nel loro terreno di gioco, fino a che per delle esilaranti situazioni diventano naufraghi e si ritrovano su unisola deserta mentre Dave Seville (Jason Lee), si metterà sulle tracce dei suoi amici dispersi I "Chipmunks e le Chipettee' anche qui fanno del loro meglio, cantano, ballano e fanno danni. Ma c'è una sorpresa quando i scoiattoli, con un loro nuovo amico naufrago, che gli causerà non pochi problemi, si addentrano nell'isola, dove dovranno fare i conti con una natura selvaggia, un'avventura che è più di una gara per Alvin e i suoi.